Luigi Boccherini compose due versioni dello Stabat Mater: la prima, per soprano, due violini, viola, violoncello obbligato e contrabbasso, venne scritta nel 1781 ad Arenas in Avila per ordine dell'Infante di Spagna Don Luis; la seconda versione del 1800 (forse dedicata a Luciano Bonaparte, ambasciatore di Francia a Madrid e suo ultimo protettore) è una rielaborazione della stesura originaria arricchita nell'organico vocale (due soprani, tenore e archi), ampliata in alcune sue parti.
Proprio alcune modifiche, marginali in apparenza ma sostanziali nel risultato, hanno decretato ingiustamente maggior fortuna alla seconda versione a scapito della prima. Infatti, mentre la stesura del 1781 rimase manoscritta e pressoché sconosciuta fino a pochi anni fa, la seconda stesura venne immediatamente data alle stampe dallo stesso Boccherini, venne inserita nel catalogo come opera 61 e godette di tale considerazione da poter essere annoverata subito tra i capolavori del musicista e subito accostata allo Stabat Mater di Pergolesi,